Α΄ ΛΙΜΕΝΙΚΟ ΤΜΗΜΑ ΛΙΝΟΠΕΡΑΜΑΤΩΝ
Στα Λινοπεράματα λειτουργεί υποτεταγμένο κλιμάκιο του Κεντρικού Λιμεναρχείου Ηρακλείου που συστάθηκε με το Π.Δ. 336/91 (Α΄118) και περιοχή ευθύνης που εκτείνεται ανατολικά από τις εκβολές του Χείμαρρου Γάδανου και δυτικά από τα διοικητικά όρια του νομού Ηρακλείου με κύριες αρμοδιότητες τον έλεγχο φορτηγών πλοίων, δεξαμενόπλοιων και LPG που καταπλέουν στις εγκαταστάσεις εκφόρτωσης υγρών καυσίμων, υγραερίων και χύμα τσιμέντου Λινοπεραμάτων.
Β΄ΛΙΜΕΝΙΚΟ ΤΜΗΜΑ ΧΕΡΣΟΝΗΣΟΥ
Συστάθηκε με το Π.Δ. 45/04-02-1992 με περιοχή ευθύνης από εκβολές του Αποσελέμη ποταμού Γουβών Ηρακλείου μέχρι τα ανατολικά διοικητικά όρια του νομού Ηρακλείου και με κύριες αρμοδιότητες την αστυνόμευση συναφών δραστηριοτήτων τουριστικής ζώνης Χερσονήσου-Μαλίων.
Λιμενικός σταθμός ΚΟΚΚΙΝΟΥ ΠΥΡΓΟΥ
Συστάθηκε με το Π.Δ. 236/04 (Α΄ 219) με όρια τοπικής αρμοδιότητας απο Ακρωτήριο Λίθινο μέχρι τα νοτιοδυτικά όρια του νομού Ηρακλείου και κύριες αρμοδιότητες τον έλεγχο της αλιευτικής δραστηριότητας.
Λιμενικός σταθμός ΚΑΛΩΝ ΛΙΜΕΝΩΝ
Συστάθηκε με την αριθ.18282/2032 Υ.Α (Β΄101/09-03-1963) με όρια τοπικής αρμοδιότητας από το Ακρωτήριο Λίθινο μέχρι Ακρωτήριο Μάρτελος. Έχει κύριες αρμοδιότητες ελέγχου καταπλεόντων πλοίων στις χερσαίες εγκαταστάσεις διακίνησης καυσίμων και επιτήρησης νότιων ακτών για την αποτροπή-καταστολή παραβατικων ενεργειών.